Компанія «Криптомаш» структурно складається з трьох підрозділів:

• Департамент наукових досліджень та програмно-апаратних розробок (R&D);
• Департамент комплексних систем захисту інформації (КСЗІ);
• Акредитований центр сертифікації ключів (АЦСК).

До сфери діяльності департаменту R&D входить проектування та реалізація всіх програмно-апаратних розробок, що виконуються в компанії, включаючи проведення проектних досліджень і аналіз безпеки вживаних рішень. Окремим напрямком діяльності департаменту є проведення теоретичних досліджень в галузі криптографії та криптоаналізу. 

Департамент КСЗІ виконує роботи пов’язані з проектуванням, впровадженням та супроводом комплексних систем захисту інформації в інформаційні системи замовника. Метою впроваджуваної КСЗІ, в загальному випадку, є забезпечення комплексного захисту, як самої інформаційної системи, так і інформації в ній циркулюючою від погроз зовнішніх і внутрішніх зловмисників, а також збоїв, простоїв і втрат інформації, викликаних відмовами технічних засобів або людським чинником.

АЦСК «Криптомаш» надає повний спектр послуг, зв'язаних з використанням засобів легітимного електронного цифрового підпису (ЕЦП). Наш АЦСК є першим в Україні Акредитованим центром сертифікації ключів, що надає своїм клієнтам смарт-картку як захищений ключовий носій, що підтримує банківський платіжний додаток НСМЕП і додаток медичного страхування. Крім того, АЦСК оснащений власним персо-бюро, яке здійснює графічну і електричну персоніфікацію пластикових карт клієнтів.